Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) adalah proses yang integral pada tindakan dan kegiatan yang dilakukan secara terus menerus oleh pimpinan dan seluruh pegawai untuk memberikan keyakinan memadai atas tercapainya tujuan organisasi melalui kegiatan yang efektif dan efesien, keandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara, dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan. Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) bertujuan untuk memberikan keyakinan yang memadai guna tercapainya efektivitas dan efisiensi pencapaian tujuan penyelenggaraan pemerintah negara, keandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara, dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan (PP 60 Tahun 2008), Menurut Permenkeu tujuan Sistem Pengendalian Intern untuk tercapainya efektivitas dan efisiensi kegiatan BLU, keandalan dan integritas informasi keuangan dan kinerja BLU, pengamanan aset BLU, dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan. The Comitte on Sponsoring the Treadway Committe (COSO) mendefinisakan juga arti dari sistem pengendalian intern yaitu proses yang dilakukan oleh manajemen dan personil lain dalam organisasi, yang dirancang untuk mendapatkan keyakinan yang memadai bahwa akan terdapat perbaikan dalam pencapaian tujuan: efektivitas dan efisiensi operasi, keandalan pelaporan keuangan, dan kepatuhan terhadap peraturan yang berlaku.
Dalam lingkup Instansi Pendidikan, penerapan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) diharapkan juga dapat memberikan keyakinan yang memadai bagi tercapainya efektivitas dan efisiensi pencapaian tujuan penyelenggaan pemerintah negara, keandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara, dan ketaatan terhadap peraturan perundang undangan. Tujuan Penyelenggaraan SPIP Pemerintah yang diselenggarakan secara amanah dengan tatakelola yang baik (good governance) bagaikan atap suatu bangunan bernegara yang kokoh yang melindungi semua unsur yang bersatu dalam suatu negara (pemerintahan dan rakyatnya). Atap bangunan bernegara tersebut tentunya harus dilandasi dengan Akuntabilitas Keuangan Negara. Akuntabilitas Keuangan Negara adalah pertanggungjawaban dengan memberikan penjelasan atas penggunaan sumber daya yang kewenangannya diberikan oleh seluruh konstituen (unsur yang membentuk) negara untuk mewujudkan tujuan bernegara sebagaimana yang telah menjadi komitmen dalam Pembukaan Undang Undang Dasar 1945. Penyelenggaraan SPIP diarahkan untuk mencapai beberapa tujuan yang mencakup: